Suite aux premières réflexions menées sur la nécessité de réactualiser la précédente enquête réalisée entre 1979 et 1982 et qui n’avait pas pu couvrir l’ensemble du territoire français, une proposition de protocole a été élaborée et soumise au comité de pilotage en 1999.
Ce dernier, composé de scientifiques et de spécialistes, avait pour vocation d’élaborer le protocole, de contrôler les données et d’assurer leurs analyses pour publication. Placé sous la responsabilité du comité de pilotage, un coordinateur national, Jean Sériot, avait quant à lui la charge de mobiliser les coordinateurs régionaux et départementaux puis de collecter et de saisir informatiquement l’ensemble des données renvoyées par le biais du réseau de coordination.
Sur le terrain, ce sont 131 associations ou organismes qui ont mis en place le protocole dès janvier 2000 et durant les deux années suivantes, soit près de 1700 ornithologues. Ainsi toutes les régions ont été couvertes à des degrés variables.
Par la suite, l’ensemble des données a été vérifié au laboratoire CNRS de Chizé avant d’y être analysé. Au final, une synthèse a été publiée dans l’ouvrage Rapaces nicheurs de France grâce à l’aide d’une quarantaine de rédacteurs.